日前，在山東省農(nóng)業(yè)良種工程等項目支持下，黃海水產(chǎn)研究所陳松林研究員團隊、中山大學(xué)林浩然院士團隊和美國密歇根州立大學(xué)李偉明教授團隊等，聯(lián)合完成了鞍帶石斑魚（龍膽石斑）的全基因組測序和基因組圖譜繪制，并解析了其先天性免疫和快速生長的基因組學(xué)機制。研究成果于6月22日在國際重要學(xué)術(shù)刊物《分子生態(tài)資源》（Molecular Ecology Resources）上在線發(fā)表。

石斑魚是廣泛分布于印度洋-太平洋熱帶和亞熱帶海域的巖礁魚類，也是我國重要的海水養(yǎng)殖經(jīng)濟魚類。鞍帶石斑魚，俗名龍膽石斑、龍躉，是石斑魚類中體型最大、生長最快的一種石斑魚，具有抗病力強、生長快速、味道鮮美等特點，因而廣泛應(yīng)用于石斑魚雜交育種和良種選育。作為體型最大的肉食性巖礁魚類，鞍帶石斑魚對于巖礁生態(tài)系統(tǒng)亦具有重要影響。

研究人員采用二代測序和HiC三維基因組技術(shù)，構(gòu)建了染色體水平的鞍帶石斑魚基因組圖譜，結(jié)果顯示鞍帶石斑魚基因組大小為1.086Gb，含有24718個蛋白編碼基因。進(jìn)化分析和共線性分析顯示，鞍帶石斑魚與三棘刺魚關(guān)系最近，分化時間距今約1億年，兩者的部分染色體發(fā)生了融合或分裂；與其他魚類基因組的比較基因組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)，鞍帶石斑魚具有較完善的先天免疫系統(tǒng)，其中一些參與先天性免疫的基因家族（如NOD-like家族）發(fā)生了顯著擴張，并發(fā)生了顯著的DNA序列變化（正選擇）；同時，一些激素信號傳導(dǎo)通路的關(guān)鍵基因亦受到正選擇，可能與其生長快速的生物學(xué)特征有關(guān)。

鞍帶石斑魚基因組精細(xì)圖譜的完成，為解析石斑魚科魚類生長、抗病等重要經(jīng)濟性狀的分子機制奠定了重要基礎(chǔ)；同時，鞍帶石斑魚全基因組數(shù)據(jù)也為石斑魚雜交育種及良種選育技術(shù)的發(fā)展提供了有價值的基因資源，對于推動石斑魚產(chǎn)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展具有重要意義。

黃海水產(chǎn)研究所周茜博士為該論文第一作者，黃海水產(chǎn)研究所陳松林研究員、中山大學(xué)林浩然院士和美國密歇根州立大學(xué)李偉明教授為該論文的通訊作者。該研究獲得了山東省農(nóng)業(yè)良種工程、海洋科學(xué)與技術(shù)試點國家實驗室（青島）海洋漁業(yè)科學(xué)與食物產(chǎn)出過程功能實驗室“漁業(yè)科技青年人才”培養(yǎng)計劃、鰲山人才培養(yǎng)計劃和泰山學(xué)者攀登計劃等項目的資助。

鞍帶石斑魚基因組組裝

全文鏈接：“A chromosome-level genome assembly of thegiant grouper (Epinephelus lanceolatus) provides insights into its innate immunity and rapid growth”

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1755-0998.13048。